La misión del CNAG es llevar a cabo proyectos de secuenciación y análisis de ADN en colaboración con investigadores de Cataluña, España y de la comunidad científica internacional. Actualmente, el centro opera con varios tipos de secuenciadores de Illumina, Oxford Nanopore Technologies y PacBio, ofreciendo a los investigadores acceso a tecnología de vanguardia para la secuenciación de alto rendimiento en una amplia gama de aplicaciones. El parque de secuenciación cuenta con una extensa infraestructura informática de soporte.